Kur'an ve tefsir ilimleri başta olmak üzere dinî ilim sahalarının birçoğuna yönelik seksene yakın eser telif etmiş olan Muhammed Ebû Zehre'nin tefsir alanındaki en önemli eseri, yaklaşık yirmi üç yıl zarfında kaleme aldığı ancak vefatı sebebiyle Neml sûresinin 74. âyetinde kalan ve de vefatından sonra, 2002 yılında Zehretü't-Tefâsîr adıyla basılmış on ciltlik tefsiridir.

Müfessirin bu sahaya yönelik ikinci önemli çalışması ise, 1969 yılında yazmayı planladığı tefsirinin mukaddimesi olarak başladığı ancak hacmi artınca müstakil bir kitap olarak yayımlama kararı aldığı 614 sayfadan oluşan el-Mu'cizetü'l-Kübrâ: el-Kur'an (Nüzûlühû - Kitâbetühû - Cem'uhû - İ'câzühû - Cedelühû - Ulûmühû - Tefsîruhû - Hükmü'l-Ğınâi Bihî) adlı eserdir. İsminden de anlaşılacağı üzere, Kur'an'ın i'câzî yönünün anlaşılması yolundaki çabalara büyük katkısı bulunan elinizdeki bu eser, Mushaf Tarihi, Tefsir Usûlü ve Tarihi, Kur'an'ın İ'câzı ve Belâğatı, Kur'an'ın Muhtevası, Kur'an'da Had ve Cezalar, Kur'an'da Fıkhî ve Mâlî Muâmeleler, Kur'an'da Aile, Kur'an'da Uluslararası İlişkiler, Kur'an'da Kâinat ve İnsan, Kur'an'da İnsan Psikolojisi ve Hz. Yûsuf Kıssası, Kur'an'ın Tercümesi, Kur'an'ı Teğannî ile okumak gibi daha birçok önemli konuyu muazzam bir üslup ve yerinde tespitlerle ele alan hacimli bir kitaptır.

Deyim yerindeyse, Ebû Zehre bu eserinde bir çok sahadaki ilmî birikimini yansıtmak suretiyle Kur'an'ın farklı sahalardaki eşsiz i'cazını ortaya koymaya, örneklerle bunları açıklamaya çalışmış ve zaman zaman da güncel tartışmalara soru cevap metoduyla çözümler üretmiştir.